Les nouvelles règles depuis le 1er mars 2025
L'article 189 de la loi de finances pour 2025 a modifié l'indemnisation du congé de maladie ordinaire (CMO) des agents publics. Les décrets n° 2025-197 et n° 2025-198 du 27 février 2025 ont précisé les modalités d'application.
Ce qui a changé
| Période | Avant (jusqu'au 28 fév. 2025) | Après (depuis le 1er mars 2025) |
|---|---|---|
| Jour de carence | 1 jour non indemnisé | 1 jour non indemnisé (inchangé) |
| Mois 1 à 3 | 100 % du traitement | 90 % du traitement |
| Mois 4 à 12 | 50 % du traitement | 50 % du traitement (inchangé) |
La retenue de 10 % porte sur le traitement indiciaire brut. Les primes et indemnités (IFSE, CIA, indemnité de résidence, SFT) suivent le même abattement de 10 % pendant les 3 premiers mois.
Ce qui change depuis le 1er septembre 2026
Le décret n° 2026-705, publié au Journal officiel le 31 juillet 2026, transpose à la fonction publique plusieurs règles du régime général. Il ne modifie ni le jour de carence, ni les taux d'indemnisation : votre rémunération en arrêt maladie ne change pas. Ce sont les modalités de prescription et de contrôle qui évoluent.
Durées de prescription plafonnées
Un arrêt initial ne peut plus dépasser 31 jours, et une prolongation 62 jours. Des dérogations restent possibles lorsque l'état de santé le justifie. En pratique, un arrêt long se traduit désormais par des prescriptions renouvelées plus fréquemment.
Certificat sécurisé et obligations de l'agent
L'arrêt doit être établi sur le formulaire Cerfa sécurisé, avec possibilité de transmission dématérialisée. L'agent est tenu de respecter les heures de présence obligatoire à son domicile et les restrictions de sortie, selon les règles de la sécurité sociale.
L'administration peut faire procéder à un contrôle au domicile ou au lieu de repos déclaré. Une absence injustifiée lors d'un contrôle, ou un refus de s'y soumettre, peut entraîner la suspension de la rémunération.
Temps partiel thérapeutique : la procédure se durcit pour l'employeur
Le volet le plus favorable à l'agent. L'administration dispose désormais de 30 jours au maximum pour statuer sur une demande — sauf reprise après un congé long, où la décision intervient à la reprise. Surtout, tout refus doit être motivé, et un refus pour raison médicale suppose l'avis préalable d'un médecin agréé.
Le temps partiel thérapeutique peut être accordé pour la durée médicalement justifiée, dans la limite d'un an, sans obligation de renouvellement tous les un à trois mois comme c'était le cas auparavant.
Rappel : le temps partiel thérapeutique n'est pas un congé maladie. L'agent est rémunéré à 100 % de son traitement à temps plein, sans jour de carence ni retenue de 10 %.
Le jour de carence : comment ça marche ?
Le jour de carence est le premier jour d'un arrêt maladie, pendant lequel l'agent n'est pas rémunéré. Rétabli en 2018, il est resté fixé à 1 jour malgré des tentatives parlementaires de l'allonger à 3 jours.
Calcul de la retenue
La retenue est calculée selon la règle du trentième : la rémunération mensuelle brute — traitement (NBI comprise), indemnité de résidence et régime indemnitaire — est divisée par 30, et cette fraction est déduite de la paie du mois de l'arrêt (ou du mois suivant).
Retenue jour de carence = (Traitement brut mensuel + indemnité de résidence + primes) ÷ 30
Restent hors assiette : le supplément familial de traitement, les remboursements de frais, les heures supplémentaires effectuées et la part des primes modulée selon les résultats (CIA).
Exemple : pour un agent au traitement brut de 2 400 € + 500 € de primes = 2 900 € ÷ 30 = 96,67 € de retenue.
Exceptions au jour de carence
- Prolongation ou rechute : pas de nouveau jour de carence si le 2e arrêt concerne la même affection et débute dans les 48h suivant la fin du précédent
- Affection de longue durée (ALD) : pas de jour de carence pour les congés de longue maladie (CLM) et congé de longue durée (CLD)
- Accident de service ou maladie professionnelle : pas de jour de carence
- Congé maternité, paternité, adoption : pas de jour de carence
- Arrêt lié à la grossesse : pas de jour de carence si le CMO est postérieur à la déclaration de grossesse et antérieur au congé de maternité
Les différents types de congé maladie
Congé de Maladie Ordinaire (CMO)
- Durée maximale : 12 mois (sur une période de référence de 12 mois consécutifs)
- Indemnisation : 90 % les 3 premiers mois, puis 50 % les 9 mois suivants
- 1 jour de carence au début de chaque nouvel arrêt (sauf exceptions)
Congé de Longue Maladie (CLM)
- Durée maximale : 3 ans
- Indemnisation : 100 % la 1re année, puis 50 % les 2 années suivantes
- Accordé sur avis du comité médical pour les maladies graves (cancer, AVC, troubles psychiatriques, etc.)
- Pas de jour de carence
Congé de Longue Durée (CLD)
- Durée maximale : 5 ans
- Indemnisation : 100 % les 3 premières années, puis 50 % les 2 années suivantes
- Réservé à 5 pathologies : tuberculose, maladie mentale, poliomyélite, cancer, déficit immunitaire grave
- Pas de jour de carence
Congé pour accident de service / maladie professionnelle
- Pas de durée maximale légale (jusqu'à la consolidation ou la guérison)
- Indemnisation : 100 % du traitement pendant toute la durée
- Pas de jour de carence
Impact sur la fiche de paie
Voici ce qui apparaît sur votre bulletin de salaire lors d'un arrêt maladie ordinaire :
Exemple : 10 jours d'arrêt au mois 2 (dans les 3 premiers mois)
Agent au traitement brut de 2 400 €/mois, IFSE 400 €/mois
- Retenue jour de carence : (2 400 + 400) ÷ 30 = 93,33 € (1 jour)
- Retenue maladie (90 %) : (2 400 + 400) × 10 % × 9/30 = 84 € (9 jours restants à 10 % de retenue)
- Total retenu : 93,33 + 84 = 177,33 €
Pour un arrêt de 10 jours dans les 3 premiers mois, la perte nette est d'environ 6 % du salaire mensuel. Sans la réforme, elle aurait été limitée au seul jour de carence (~3,3 %).
Le débat sur les 3 jours de carence
En décembre 2025, dans le cadre du projet de loi de finances 2026, le Sénat a voté un amendement portant le délai de carence de 1 à 3 jours. La mesure est en débat :
- Arguments des partisans : alignement sur le régime général du privé (3 jours de carence), réduction de l'absentéisme, économies pour les finances publiques
- Arguments des opposants : les fonctionnaires n'ont pas de régime de prévoyance complémentaire qui compense le jour de carence (contrairement au privé où la plupart des conventions collectives prévoient un maintien de salaire), risque de présentéisme pathogène (agents malades qui viennent travailler)
Situation actuelle (février 2026)
Le délai de carence reste fixé à 1 jour. L'amendement sénatorial n'a pas été retenu dans la version définitive de la LFI 2025. Le sujet pourrait être remis sur la table lors de la LFI 2027.
Impact sur la retraite
Un arrêt maladie ordinaire (CMO) a un impact limité sur la retraite :
- Trimestres : les périodes de CMO comptent comme des services effectifs pour la durée d'assurance (pas de perte de trimestres)
- Pension : le traitement de référence pour le calcul de la pension est celui des 6 derniers mois de traitement (hors primes), pas le traitement perçu pendant l'arrêt. Un arrêt maladie n'affecte donc pas le calcul de la pension, sauf s'il survient dans les 6 derniers mois avant la retraite
- RAFP : l'assiette de cotisation RAFP est réduite proportionnellement à l'abattement (90 % les 3 premiers mois, 50 % ensuite). L'impact sur les points RAFP acquis est faible sauf en cas d'arrêt prolongé
Questions fréquentes
Le temps partiel thérapeutique est-il concerné par la retenue de 10 % ?
Non. Le temps partiel thérapeutique n'est pas un congé maladie : l'agent est rémunéré à 100 % de son traitement (temps plein) et cotise intégralement pour la retraite.
Mon arrêt a commencé avant le 1er mars 2025. Suis-je concerné ?
Non. Les arrêts commencés avant le 1er mars 2025 restent indemnisés à 100 % pour les 3 premiers mois. En revanche, tout nouvel arrêt (y compris un renouvellement) à compter du 1er mars 2025 est soumis à la retenue de 10 %.
Les contractuels sont-ils concernés ?
Oui. Le décret n° 2025-198 étend la règle des 90 % aux agents contractuels de droit public des trois versants (FPE, FPT, FPH).
Mon employeur peut-il compléter les 10 % manquants via une prévoyance ?
Oui, c'est possible via le volet prévoyance de la réforme PSC. Certains contrats collectifs PSC prévoient un maintien de salaire à 100 % en cas de CMO. Vérifiez les garanties de votre contrat PSC ou renseignez-vous auprès de votre service RH.
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