ALD et arrêt maladie du fonctionnaire : carence, CLM, CLD

ALD (Sécurité sociale) et CLM/CLD (fonction publique) : ne pas confondre

C'est la confusion la plus répandue, et il faut la lever d'emblée : l'ALD et les congés de longue maladie ou de longue durée sont deux notions juridiques totalement distinctes, qui relèvent de logiques différentes et de décideurs différents.

• L'affection de longue durée (ALD) est un dispositif de la Sécurité sociale (Assurance Maladie). Elle concerne la prise en charge des frais de santé : elle ouvre droit à l'exonération du ticket modérateur, c'est-à-dire à une prise en charge à hauteur d'environ 100 % des soins liés à l'affection. La liste « ALD30 » recense 30 affections exonérantes : diabète, cancers, infection par le VIH, sclérose en plaques, insuffisance cardiaque grave, etc.
• Le congé de longue maladie (CLM) et le congé de longue durée (CLD) sont des congés statutaires de la fonction publique. Ils régissent la rémunération et la situation administrative de l'agent pendant son arrêt, et c'est l'employeur qui maintient le traitement.

Autrement dit : être en ALD (côté soins, Assurance Maladie) n'est pas la même chose qu'être en CLM ou en CLD (côté employeur, fonction publique). Un même agent peut relever des deux à la fois, mais l'un ne déclenche pas automatiquement l'autre : les listes de maladies et les autorités qui décident ne sont pas les mêmes.

Le jour de carence et son exonération en cas d'ALD

Depuis la loi n° 2017-1837 du 30 décembre 2017, un jour de carence s'applique en principe à chaque arrêt maladie d'un fonctionnaire : le premier jour n'est pas rémunéré, et le traitement est versé à partir du deuxième jour.

Mais ce jour de carence ne s'applique pas dans plusieurs situations, et notamment en cas d'ALD. La règle est précise :

• Le jour de carence ne s'applique pas aux congés de maladie accordés après un premier congé pour une même affection de longue durée, pendant une période de 3 ans à compter de ce premier congé.
• Concrètement, pour une même ALD, le jour de carence n'est prélevé qu'une seule fois au cours d'une période de 3 ans (de date à date).
• Si l'agent est atteint de plusieurs ALD différentes, le jour de carence s'applique une fois pour le premier congé engendré par chacune de ces affections, par période de 3 ans.
• Il n'y a pas non plus de nouveau jour de carence lors d'un second arrêt pour la même affection si la reprise du travail n'a pas dépassé 48 heures.

D'autres situations exonèrent également du jour de carence, indépendamment de l'ALD : le congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS), le CLM, le CLD, le congé après déclaration de grossesse ou de maternité, l'interruption de grossesse (fausse couche ou IMG), et le premier arrêt survenant dans les 13 semaines suivant le décès d'un enfant de moins de 25 ans.

La baisse à 90 % depuis mars 2025 : seulement le congé ordinaire

Un changement important est intervenu récemment, et il est essentiel de comprendre son périmètre exact. Depuis le 1er mars 2025 (loi n° 2025-127 du 14 février 2025 et décret n° 2025-197 du 27 février 2025), le congé de maladie ordinaire (CMO) n'est plus rémunéré à plein traitement : l'agent perçoit 90 % de son traitement pendant les 3 premiers mois (au lieu de 100 % auparavant), puis 50 % pendant les 9 mois suivants.

Le congé de longue maladie (CLM)

Le CLM (articles L822-6 à L822-11 du code général de la fonction publique) est accordé lorsqu'une maladie rend impossible l'exercice des fonctions, nécessite un traitement et des soins prolongés, et présente un caractère invalidant et de gravité confirmée.

• Durée maximale : 3 ans, par périodes de 3 à 6 mois, de manière continue ou fractionnée.
• Rémunération : plein traitement (100 %) la première année, puis demi-traitement les deux années suivantes. Dans la fonction publique d'État, ces deux dernières années sont portées à 60 % depuis le décret n° 2024-641 du 27 juin 2024 (en vigueur au 1er septembre 2024) ; la fonction publique territoriale et la fonction publique hospitalière restent, à défaut de disposition contraire, au demi-traitement (50 %).
• Les maladies ouvrant droit au CLM figurent sur une liste fixée par l'arrêté du 14 mars 1986, qui n'est pas limitative : d'autres maladies peuvent y donner droit après avis du conseil médical.
• Le congé est accordé par l'administration après avis du conseil médical.
• Les droits à CLM se reconstituent intégralement après au moins un an de reprise des fonctions.

Le congé de longue durée (CLD)

Le CLD (articles L822-12 à L822-17 du code général de la fonction publique) est réservé aux affections les plus graves. Il n'est accordé qu'au terme de la première année de CLM rémunérée à plein traitement.

• Durée maximale : 5 ans.
• Rémunération (article L822-15) : plein traitement pendant 3 ans, puis demi-traitement pendant les 2 années suivantes.
• Cinq affections ouvrent droit au CLD (article L822-12) : la tuberculose, la maladie mentale, l'affection cancéreuse, la poliomyélite, et le déficit immunitaire grave et acquis (formule légale qui recouvre notamment le VIH/sida).

L'impact sur la fiche de paie

Pendant ces congés, tous les éléments de rémunération ne suivent pas le même sort que le traitement indiciaire. Deux éléments sont notamment maintenus intégralement.

• Le supplément familial de traitement (SFT) et l'indemnité de résidence sont maintenus à 100 % dans tous les congés, même lorsque l'agent est passé au demi-traitement (articles L822-8 et L822-15 du code général de la fonction publique).
• Les primes (RIFSEEP : IFSE et CIA) suivent un régime particulier. En CLM dans la fonction publique d'État, elles font l'objet d'un maintien partiel : 33 % la première année, puis 60 % les deux années suivantes (depuis le décret n° 2024-641 du 27 juin 2024). En CLD, les primes sont suspendues. Le sort des primes en congé est régi par le décret n° 2010-997 du 26 août 2010, et non par le décret instituant le RIFSEEP.
• La nouvelle bonification indiciaire (NBI) suit le sort du traitement en congé de maladie ordinaire et en CLM, mais n'est plus versée en CLD.

Pour comprendre comment ces différents éléments se combinent sur votre bulletin, consultez notre guide pour comprendre sa fiche de paie, ainsi que le guide général sur l'arrêt maladie du fonctionnaire.